生物有機肥所含養分與養分單一的化肥相比具有多重優點，在施用有機肥時應根據作物對養分的要求配施化肥，即使綠色食品的農田也要配施適量礦物肥，并在作物生長期間配施各種葉面肥。
   生物有機肥雖然所含養分種類較多，但養分含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足作物對營養元素的需要。施用是可以有機肥與化肥配合施用，二者取長補短，發揮各自的優勢，可在數量和時間上滿足作物對各種營養元素的需要。
  生物有機肥需經過發酵處理許多有機肥帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥中有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用，生糞不能進地。有機肥的使用禁忌充分腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混用，會造成氨的揮發，降低有機肥養分含量。